Ang chromosome mapping ay tumutukoy sa proseso ng pagtukoy sa lokasyon ng mga gene at iba pang mahahalagang katangian sa isang chromosome. Kabilang dito ang pagtukoy sa pagkakasunud-sunod at pisikal na distansya sa pagitan ng mga genetic marker sa isang chromosome. Ang impormasyong ito ay mahalaga para sa pag-unawa sa genetic na batayan ng mga minanang sakit at para sa pagbuo ng mga bagong paggamot at mga therapy. Maaaring gawin ang Chromosome mapping gamit ang iba't ibang diskarte, kabilang ang cytogenetic analysis, fluorescence in situ hybridization (FISH), at DNA sequencing.